Tl;dr - Вейдер во время операции свапнул жизнь Падме себе при помощи Палыча.

Более развернуто:
На самом деле все намного проще. Палпатин когда рассказывал что Пэлагиус мог создавать жизнь и воздействовать на МХ, не обмолвился о той части истории, где нужно пояснить "А откуда он брал жизнь?" ведь что-то берется откуда-то. Закон сохранения энергии. Ведь блэт, не просто так показывали одновременно, что делается из Энакина Вейдер и рожает и умирает Падме. Вейдер в своей темной попытке выжить, тупо выкачивал жизнь из неё для поддержания своей жизни (при помощи Палпатина, который направлял) чтобы не откинуться во время операции. Джедаи вполне могли в этот момент не допедрить - "ну роды, умирает". И Пал Палыч технически сказал Энакину правду, про то что "ты её убил". Ведь он взял её жизненную силу. А иначе как можно объяснить что Пал Палыч знал что она умерла, а Энакин "её чувствовал" уже после её смерти? А уж если совсем заморочиться и чуть подкрутить звук в момент надевания шлема на Вейдера пост-оп, можно услышать, что у него сердце не сразу забилось.