Вроде как, те, что выжили, составили основу элитного корпуса Штурмовиков. Правда, из-за ускоренного роста они все к тому времени уже были почти деды, но были прям элитой. Вроде как, большинство было как раз из 501 легиона, которым командовал Энакин. А уже к 4 фильму, там остались в основном люди, потому что клоны либо погибали от старости, либо от боевых ранений, а обучить человека было дешевле, чем выращивать нового.