С Вейдером нет никаких противоречий. Он был рожден по воле самой силы чтобы восстановить ее баланс во вселенной. Но о каком балансе может идти речь, если во вселенной Целая куча джедаев, и всего два сит(х)а?
Вейдер лишь исполнил свое предназначение - по завершению его деятельности в галактике осталось два джедая, и два ситха. Все, что доктор (Квай-Гон) прописал.
В неизмеримой мудрости своей совет джедаев лишь выполнял волю силы, не особо понимая ее сути.